Boční kaple na jižní straně byla původně zasvěcena sv. Alžbětě. Postavena byla roku 1667, vyzdobena pak nákladem Jana hraběte z Vrtby. Štuková výzdoba byla provedena roku 1672, malby roku 1674. Štukovou výzdobu po dokončení maleb opravil a doplnil roku 1675 Martin Allio, později známý architekt. Je to jeho první doložená práce v Čechách a je možné, že štukovou výzdobu této kaple provedl celou již v roce 1672. Nástropní malby, které byly přemalovány Janem Umlaufem, se váží ke sv. Janu Křtiteli a jeho rodičům. V mělkém presbytáři zůstala na východní stěně horní část původního štukového oltáře. Po stranách stojí štukové postavy sv. Jana Evangelisty a sv. Františka z Assisi na konzolách, na nichž byly původně erby zakladatele kaple a jeho manželky, tedy Vrtbů a Kokořovských z Kokořova. V nice severní boční stěny je socha sv. Barbory. V presbytáři volně stojí mramorový oltář podle návrhu architekta Jana Čermáka se stříbrnými postavami andělů adorujících obraz Panny Marie Matky ustavičné pomoci, jíž je kaple dnes zasvěcena.